Vào cuối thế kỷ XVII đầu thế kỷ XVIII, vùng đất Ba Tri vẫn còn hoang vắng. Đầu thế kỷ XVIII, một số cư dân người Việt gốc miền Trung đã đến đây định cư, làm nghề biển và khai phá đất đai.

Ban đầu, cù lao Bảo thuộc tổng Tân An, châu Định Viễn, dinh Phiên Trấn. Thời Gia Long, cù lao Bảo được đặt là tổng An Bảo. Năm 1808, tổng An Bảo gồm 63 làng. Đến triều Minh Mạng (1832), tổng An Bảo được thăng lên huyện với tên mới là Bảo An. Đến năm 1837, huyện Bảo An được chia thành hai huyện: Bảo An và Bảo Hựu. Huyện Bảo An (mới) nằm ở phía Đông cù lao Bảo, có diện tích gần tương đương với huyện Ba Tri ngày nay.

Đầu thời Pháp thuộc, Ba Tri là đại lý hành chính ở tỉnh Bến Tre. Sau là xã ở tổng Ba Tri, huyện Kiến Hòa, tỉnh Gia Định. Năm 1912, Ba Tri là quận của tỉnh Bến Tre, gồm có 5 tổng là: Bảo An với 4 làng, Bảo Lộc với 6 làng, Bảo Thuận với 6 làng, Bảo Trị với 5 làng.

Sau năm 1956, quận Ba Tri thuộc tỉnh Kiến Hòa, gồm 3 tổng và 15 xã. Ngày 2 tháng 7 năm 1967, quận Ba Tri nhận thêm xã An Ngãi Tây tách ra từ quận Giồng Trôm.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, Ba Tri là huyện của tỉnh Bến Tre, gồm thị trấn Ba Tri và 17 xã: An Bình Tây, An Đức, An Hiệp, An Hòa Tây, An Ngãi Tây, An Ngãi Trung, Bảo Thạnh, Mỹ Chánh Hòa, Mỹ Nhơn, Mỹ Thạnh, Phú Lễ, Phú Ngãi, Phước Tuy, Tân Hưng, Tân Thủy, Tân Xuân, Vĩnh Hòa.

Ngày 14 tháng 3 năm 1984, chia xã Tân Thủy thành hai xã lấy tên là xã Tân Thủy và xã An Thủy.

Ngày 16 tháng 4 năm 1985, địa giới hành chính huyện Ba Tri có một số điều chỉnh như sau:

• Chia xã Bảo Thạnh thành hai xã lấy tên là xã Bảo Thuận và xã Bảo Thạnh.
• Chia xã Mỹ Chánh Hòa thành hai xã lấy tên là xã Mỹ Chánh và xã Mỹ Hòa.
• Chia xã An Ngãi Trung thành hai xã lấy tên là xã An Ngãi Trung và An Phú Trung.
• Thành lập xã Vĩnh An trên cơ sở tách ấp Vĩnh Đức Trung của xã Vĩnh Hòa và các ấp An Nhơn, An Quới của xã An Hòa Tây.

Ngày 18 tháng 10 năm 2000, thành lập xã Tân Mỹ trên cơ sở 1.064,58 ha diện tích tự nhiên và 2.675 nhân khẩu của xã Mỹ Hòa, 171,09 ha diện tích tự nhiên và 1.693 nhân khẩu của xã Tân Xuân.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập xã Phú Ngãi và xã Phước Tuy thành xã Phước Ngãi.[2]

Huyện Ba Tri có 1 thị trấn và 22 xã như hiện nay.